Өткөн жылдын 15-сентябрында 2016-жылы чет элдик жарандарга кыргыз паспортун мыйзамсыз берүүгө байланыштуу Атамбаевге карата «Коррупция» беренеси менен сотко чейинки өндүрүш башталып, кылмыш иши Биринчи май райондук сотуна өткөрүлүп берилген.
Кыргызстанды 2011-2017-жылдары башкарган Атамбаевге Кой-Таш, Октябрь окуялары жана мындан тышкары кылмыштуу жол менен алынган кирешени адалдаштыруу, Бишкектин Жылуулук электр борборун (ЖЭБ) модернизациялоо, бөлүнгөн акчадан уурдоо, паспортторду мыйзамсыз берүү деген айыптар тагылган.
Атамбаев өзү жана тарапташтары коюлган кинелерди саясий куугунтук деп баалап келет.